Текст заголовка сообщения полностью: Влияет. Команді по JTAG віполняются по разному. Регистровіе могут тактироваться клоком от JTAG. Те которіе обращаются к памяти - от тактового генератора ядра. У SAM7 єто 32кГц. По єтому типичній загрузчик загружает в оперативку програму которая раскручиввает тактовій генератор и PLL для бістрой прошивки.