А у AT90PWM3 есть все что надо. Встроенная PLL на 64MHz, выходы ШИМ с регулируемым Dead Time. Причем их достаточно для любых драйверов. Выходы пинов конфигурируются фьюзами, так что при включение питания нет проблем с их первоначальным состоянием. Есть быстрые компараторы для сброса ШИМ, так что защита реализуется элементарно.
В m168 всего этого нет и придется вешать снаружи, сушить мозги чтобы такое сотворить, чтобы при включении питания транзисторы не сгорели и как с превышением тока бороться в нештатных режимах. Драйвера опять таки нужны будут с мертвой зоной.
В общем, разработка будет дольше и обойдется дороже.