в некоторых АРМах (не будем тыкать пальцем) если инициализировать PLL сразу после ресета, бывают нехорошие последствия в виде зависания. Если сделать задержку в десятки мсек - то всё ок. Думаю, подобные примеры можно найти и в других семействах.
Что касается АВР - то у многих бывают проблемы, например, при неудачном кварце и/или конденсаторах и включенном LowPower crystal mode, да и тупо при неправильных настройках CKOPT/CKSEL, не говоря уже об отключении генератора