несколько глобальных библиотек (отдельно под дискретные, микросхемы, разъёмы, и ещё несколько), всего 7 шт, они подключены постоянно, с ними и работаю. Когда хочу "отправить проект в архив", тогда создаю библиотеку именно для этого проекта (через Archive Library) и такую библиотеку сохраняю вместе с проектом
Правки уже существующих компонентов у меня бывают довольно редко, обычно только добавление новых

Что касается отверстий - сходите Options->pad style (via style), много интересного узнаете. Там же есть полезные кнопки Purge unused style и Replace