Надо в библиотеке компонента сделать такую хрень:
в поле PinEq проставить единицы напротив тех ног, которые можно менять
(у меня на картинке FPGA от ксилинкса). Если есть несколько групп ног, внутри которых можно эти ноги менять, то ноги одной группы проставляешь единичками, ноги второй группы - двойками, ну и так далее.
Потом при разводке платы залазишь в utils->optimize nets и переставляешь ноги как тебе угодно (щелкаешь по ногам, которые надо поменять). Ну и надо еще чтобы ЕСО было включено, тогда на схематике выводы тоже сменятся.