внутри одного прерывания таймера будет обрабатываться следующее от того же таймера? Вряд ли программа рассчитана на такое, поэтому может сглючить. Правильнее будет обрабатывать прерывания очень быстро, не допуская вложенных прерываний, и оставляя бОльшую часть работы фоновой задаче.