Что происходит в основном цикле? Вы посылаете в УАРТ "A" и начинаете
блинковать светодиодом. Все байты, которые попадают в это
время в УАРТ извне, записываются в буфер UART_Buffer.
Наблинковавшись вдоволь, Вы смотрите, а что там упало в буфер.
При этом Вы видите только последний байт, который Byte. Если он не "B", то Вы решаете, что команда пропушена, тогда как она
лежит себе в буфере. Да если даже Вы посылали одни "B", то всё
равно видите только последнюю. И она будет мигать у Вас,
пока Вы не пошлёте любой другой байт.
Общее замечание: за указателем буфера нужно следить.