например, если следующий по "резиновой связи" пад находится с другой стороны платы. Просто переключите слой и закончите цепь в другом слое, а потом удалите ненужный кусок цепи.
Чтобы такое сообщение не надоедало, нужно периодически делать Optimize Nets или перезагружать нетлист, тогда связи становятся более короткими и менее запутанными