просто отправить с паузой

тогда содержимое bat-файла для отправки:

for /f "tokens=1*" %%i in (myfile.hex) do (
 @echo %%i > COM1
 @ping localhost -w 1000 -n 2 > nul
)

где после -n пишется количество секунд ожидания плюс 1.
Вместо myfile.hex можно написать %1 и передавать имя файла аргументом командной строки, аналогично для COM1 написать, например %2
Украшательств много магёт быть;)