Судя по блох-схеме модуля захвата, никакие ранее установленные флаги не действуют. Должно сработает еще и еще раз. Пока не отключить входы ICP (и ACO кстати для Т1) от схемы захвата путём задания его направления как ВЫХОД с нужным уровнем, или настроив таймер в режим, где ICR используется как ТОР.