резисторы нада ставить на передающем конце, ставь их юлиже к микросхеме которая слева на рисунке, а выравнивай линии от резисторов до микросхемы которая справа на рисунке.
назови эти связи допустим TDI_T и TCK_T
далее просто
define (class JTAG TDI_T TCK_T )
circuit class JTAG (match_net_length on (tolerance 250))
select class JTAG
route