отлаживаю протокол, похоже со стороны PC переключение прием/передача ведется не тогда, когда я это ожидаю.

Кто стакивался с сабжем уточните, как правильно сказать винде, а главное, FT232R, чтобы он сразу по завершению передачи выключал передатчик?

протокол простой: задатчик (PC) выдает запрос, устройство отвечает, в случае ошибки ли таймаута запрос повторяется.