При форматировании утилитой и установки галки сделать загрузочной и системной , просит указать путь на систему. Для DOS выбирать FAT-16. Указать путь на предварительно сделаную системную дискету с нужной системой. Нужную ситему выкачать http://bootdisk.com/ и сделать системную дискету. В дискету можно интегрировать драйвера файловых систем NTFS для DOS например. Часто при такой загрузке флешка имеет букву A:, WIN3.1 может не понять и потребовать C:. Материнка должна в биосе поддерживать загрузку с USB.