Тебе нужно 1) Создать загрузочную дискету DOS622 2) Загрузиться с неё 3) Из доса отформатировать флешку (или просто сделать перенос системных файлов командой sys), при этом на флешку запишется досовский бут-сектор и досовские системные файлы.
А MBR тут вообще ни при чём. Более того, на некоторых материнских платах БИОС вообще не даёт доступа к MBR флешки, там флешка видна как дискета - начинается сразу с бут-сектора.