Общий предок нужен когда будут централизованно выполняться общие операции, как правило, не сводящиеся к инициализации. Или когда нужна абстракция для части переносимого кода. Вот сделали, например, файл - и можно писать и читать из всех файлов единообразно. Файл и Файловые операции в таком случае - это проверенная временем полезная абстракция. Ну а билдеры во встроенных приложениях с фиксированными ресурсами - явно лишняя.

Нередко более дешевой и понятной альтернативой абстракции служит просто текстуальная правка кода с хорошими коммпентариями.

По сути вопроса. Ты хочешь разделить логику компорта и шины. У тебя этот порт - только Modbus? Тогда сделай Modbus потомком компорта. Ну и обрабатывай символы в виртуальной функции компорта, переопределенной в потомке. Какие у компорта базы - совершенно не важно. Да, если у тебя компорт с буфером - лучше передавай обработчикам указатель на массив и длину, а не один символ.

Другой вариант развязки - опиши в файле компорта абстрактный класс с pure virtual функциями, являющийся интерфейсом уведомлений от компорта. Отнаследуй от него свой Modbus. Добавь к компорту метод регистрации уведомлений. Обычно достаточно одного потребителя уведомлений (обработчика потока символов), поэтому со списками уведомлений не заморачивайся - просто указатель. Не забудь про возможность отписывания.