Ножка управляет биполярным NPN транзистором через резистор 5,1К.
К земле он притянут тоже через 5,1К.

Если процессор стереть, на выход идет напряжение (1,5В) транзистор открывается.
150 микроампер ток утечки получается

Такое поведение ножки не подходит.
В документации указано, что эта ножка имеет большой допустимый выходной ток.
В bootloader тоже не участвует.

Сопротивление Pull-up не указано.
В документации на странице 616 указано

Input Pull-up Current
Other PIOs and NRST, VVDDIO from 3.0V to 3.6V,
PAx connected to ground

max 600 μA

То есть в худшем случае суммарное сопротивление подтяжки и паразитная утечка на одной ножке сотавит 6кОм.

Не многовато-ли?