Просто интервал? Попробуй лучше так: а)Стоп таймер обнулением ТССR1B б) Загрузить TCNT1H затем TCNT1L в)Cбросить флах переполнения записью в него "1" г) Старт таймера в нормальном режиме загрузкой ТССR1B =((1<<CS1i)|(1<<CS1j)|(1<<CS1k)) Кстати, можно перед стартом ещо раз запретить прерывания сбросом бита TOIE1