Вот такой вариант:
- цепляешь кнопку к ноге МК
- программно подавляешь дребезг и выводишь на другую ногу, которая
соединена со счетным входом Т/С (например PB1/T1)
- Т/С настраиваешь на счет внешнего сигнала.

PS подавление дребезга - если N подряд отсчетов состояния кнопки
совпадают друг с другом - это истинное состояние кнопки, если нет -
используется предыдущее состояние. На практике N = 3...10, период
опроса выбирается таким, чтобы кнопка определялась за 50..200 мсек
(для ручного нажатия)