Не очень понял, но ведь все равно клоки будет давать ваш МК? Разве нелзя после приема байта перед служебными битами дать на RG сигнал на передачу байта из Shift в Out, и пусть себе служебные идут, они никому не помешают. А перед приемом нового байта например очистить Shift( хотя этого особо и не надо, само все продвинется)...