Автор прошивки и скрипта один и тот же? Да.
Прошивка и скрипт хранятся в одной и той же памяти (флеш-память МК)? Да.

Ну тогда ответьте, зачем усложнять и писать программу на двух разных языках, когда можно на одном?
Возможно, у Вас прошивальщик тупой: если новая прошивка отличается от старой всего в 10 байтах, он всё равно будет целиком перезаписывать всю флеш-память и потребует, чтобы всё содержимое памяти было ему передано по гпрс? Ну так сделайте нормальный прошивальщик. Разделите флеш-память на несколько блоков (по 64 байта, например), если контрольная сумма блока в новой версии прошивки совпала со старой версией, его перешивать не надо.
Если уж очень хочется отделить управление И/О от остальной программы, выделите для этой подпрограммы фиксированный адрес памяти и зарезервируйте максимальную длину для удобства отдельной перепрошивки только этой подпрограммы (что не рекомендуется делать вообще, но если очень хочется...).

Я когда-то думал над этим (скрипт для выделенных процедур), но пришёл к выводу, что это имеет смысл только чтобы дать возможность вставлять код, написанный другим человеком (если заказчик умеет и хочет программировать эту процедуру самостоятельно, что бывает крайне редко).

Ситуация, похожая на Вашу, возникает при желании сделать универсальный программатор, поддерживающий хуеву тучу микросхем. Сначала с компа грузится процедура прошивки выбранного типа микросхем, а потом собственно начинается прошивка. В этом случае также лучше не использовать скрипты с их интерпретатором, а передавать с компа процедуру прошивки прямо в исполняемых кодах.