Если по JTAG шьется, запускаем JTAG - отладку, предварительно поставив точку останова на самое начало main. Пытаемся пройти пошагово первые несколько команд. Проходит ? Запускаем программу в отладчике и ждем точки останова. Не доходит до точки ? Ну, тогда это проблемы инициализации. Например, вы указали в свойствах проекта не тот кристалл, неправильно инициализировали PLL или еще что-то в этом роде ...