>> микросхему найти сложнее, по крайней мере там, где обычно заказываем, её нет в каталоге, в отличие от дешифратора, например;
Это 74HC165 ? 8=() Да вроде как у каждой собаки есть

>> наглядность отсутствует, в случае какого либо сбоя, или проблем с программой отлаживать последовательный интерфейс куда сложнее;
Чушь, ничуть не сложнее, чем кучу параллельных регистров. Просто в случае параллельных регистров напр. 74**573 одна микросхема обслуживает 8 линий D0..D8, а в случае последовательных - одна микросхема обслуживает только одну линию данных, т.е. для 64 входов Вам нужно или 8 шт. 74**573 + дешифратор (74**138), 8 входов МК и 3 выхода (для управления дешифратором), или вместо этого - 8 регистров 74**165, 8 входов МК и 2 выхода (клок и загрузка)

>> также скорость опроса - при последовательной передаче максимальная частота опроса очевидно будет ниже (хотя сейчас последнее и не столь важно) + прочие мелочи.
Ничего подобного, реально в системах на базе МК даже выигрыш можно получить.

>> Насчёт "страданий" - это мой первый опыт разработки цифровых систем, осбого дискомфорта не ощущаю. Просто необходим опыт многих для принятия решения.
Ну так и слушайте опыт "других", а не пытайтесь его "пресечь", а то так и будете "ключи подавать" :=)