Сначала пробовали использовать сигнал Е индикатора как прерывание - в итоге видно было что он(сигнал Е) опознается контроллером, но шина данных выдавала постоянно FF.
Пробовали в бесконечном цикле читать значения на входах, и если оно изменялось то его отправляли. При таком подходе шина тоже выдавала FF. Еще раз повторюсь - при ручной коммутации шины на землю и питание все правильно считывается.
Пробовали мерять осциллографом сигналы на шине - значения 0 около 0.4В, лог. 1 - около 4.5В, те все нормально.