В режиме slave FIFO ноги состояния и управления неперемещаемые, более того входы PA4..PA5 будут задавать с каким EPx будете работать.
За кристалл 013 не скажу, но в 013A есть настраиваемый режим флагов по состоянию на PA4..PA5 (типа индексируемый).

"...Flag pins configured for Indexed mode report the status of the FIFO currently selected by the FIFOADR[1:0] pins. When configured
for Indexed mode, FLAGA reports the programmable level status, FLAGB reports the ‘full’ status, and FLAGC reports
the ‘empty’ status ..."

, т.е. Вам нужно CTRL1, CTRL2

Далее
"Port A Alternate Functions"
Как только Вы выставите IFCONFIG в конфигурацию Slave FIFO порты PA (2,4,5,6,7)перейдут в альтернативный режим.

В кристалле 013A можно посмотреть еще и ф-цию:
"PORTC Strobe Feature Timings"
но тут поток придется разгребать ручками