на каждый сброс таймера (в прерывании) нужно загружать желаемую длительность "0" и "1" поочередно. Недостаток - трудно реализовать малые длительности, большая загрузка процессора для высоких частот ШИМа.
Лучше конечно использовать ТС1 (например Fast PWM - режим 14)