С винтом к сожелению сейчас нет возможности возиться...
Здесь приведен код иницализации SMC-контроллера для линий CF.
Адресные линии и шина данных работают верно, проверено с памятью.

===========================================
#define BASE_PIO_CF AT91C_BASE_PIOA
#define PIN_CF_CFIOW AT91C_PA18_NBS3_CFIOW
#define PIN_CF_CFCS0 AT91C_PA19_NCS4_CFCS0
#define PIN_CF_CFCE2 AT91C_PA21_NCS6_CFCE2
#define PIN_CF_CFCE1 AT91C_PA22_NCS5_CFCE1
#define PIN_CF_CFIOR AT91C_PA23_NWR1_NBS1_CFIOR_NUB

//Инициализация PIO
BASE_PIO_CF->PIO_PDR = PIN_CF_CFIOW | PIN_CF_CFCS0 | PIN_CF_CFCE2 | PIN_CF_CFCE1 | PIN_CF_CFIOR;
BASE_PIO_CF->PIO_BSR = PIN_CF_CFIOW | PIN_CF_CFCS0 | PIN_CF_CFCE2 | PIN_CF_CFCE1 | PIN_CF_CFIOR;
BASE_PIO_EBI_CFRNW->PIO_ASR = PIN_EBI_CFRNW;
BASE_PIO_EBI_CFRNW->PIO_PDR = PIN_EBI_CFRNW;

//NCS4 - CompactFlash
AT91C_BASE_SMC->SMC2_CSR[4] = (3<<28) | (5<<24) | AT91C_SMC2_DBW_16 | AT91C_SMC2_BAT | (0<<8) | AT91C_SMC2_WSEN | 0x15;

// NCS4 is assigned to the SMC and the CompactFlash Logic (first slot) is activated.
AT91C_BASE_EBI->EBI_CSA = AT91C_EBI_CS4A_SMC_CompactFlash;
===========================================

Схема выверена неоднакратно..

Читаю с адреса 0x50c00000, что соотвествует NCS4 True IDE mode
но хватает данные, явно с воздуха, читает, то что было записано
в предыдущий раз, причем вообще по др.адресу...