1. Сканирование сделал так:

char Enc_Scan(void)
{
  char n = 0;
  if(Pin_ENC_F1) n  = 1;         //проверка линии F1
  if(Pin_ENC_F2) n ^= 3;         //проверка линии F2
  return(n);
}

2. Это нормальная последовательность кодов при смене направления. А что не так? Не замечаю никаких недостатков в работе.

3. Т.е. когда Delta = 2 не запоминать состояние? Делал, на практике работает хуже.
А фильтрация имелась в виду какая, аналоговая и затем АЦП, или цифровая, а затем компаратор кодов? Если цифровая, то мало что можно успеть, состояния меняются за 300 мкс.