duty cycle ШИМа- это идет с МК, это надо не мерять, а задавать!

Измерить duty cycle после(!) ваших оптронов, фильтров, кондеров и пр. входных импедансов/порогов вашего принимающего устройства, причём внутри его же самого, вам просто вряд ли удастся вообще.
Proteus конечно может просимулировать что-то, теоретически, частично, но только то, что вы сами сможете ему задать...а вы разве сможете всё задать?

"Оставить как есть" - это, кстати, тоже вид определенности...можно и так "решить" промблему :))

Если так не устраивает, то лучше изначально продумать, как в принципе(!) донести ваш сигнал до приёмника не исказив его.
Или может и исказив, но в допустимых пределах и допусках.
(DS-read? ОТЦ-understand?)

...а потом уж проверить всё на Proteus-е(грубо) и макете/устройстве(конкретно).

PS
Я вон иногда даже в Work Bench-е 5.хх быстренько набросаю некую сомнительную цепочку, да и посмотрю...(а он ещё проще:)