Все мазафака, готово. Короче так - в прерывании от Pinchange проверяем SS, если 0 то начало фрейма, выставим флаг, если 1 то конец фрейма, и если в буффере не 0 байт то выполним обработку. По прерыванию по приему по SPI проверим флаг начала фрейма, если 1 то обнулим буффер (+ инкремент количества байт в буффере), считаем байт и сбросим флаг начала фрейма, если же он сброшен то просто читаем байт в буффер (+ инкремент количества байт в буффере).