1) Да. Почитайте максимальное напряжение между слоями при намотке слоев слева-направо, а потом справо налево и смысл станет ясен
2) Т.е. чтобы края одной из них не вылазили за края другой. Смысл - потокосцепление обмоток увеличивается, а следовательно уменьшается индуктивность рассеяния
3) На первичке. Зачем прокладку мотать, если обмотки первички и доп. обмотки все равно соединяются. Но этот пункт достаточно спорный. Для надежности все-таки прокладку мотают. Чтобы не было пробоя с первичкой находящейся под высоким потенциалом. Но обмотку размещают или под первичкой или через слой вторички. Большой мощи от этой обмотки все равно не требуется. Поэтому на недостаточное потокосцепление ее с первичкой по большому счету начхать.
Для уменьшени нагрева транса:
A) выбирать нормальный ВЧ-феррит (N67, N87 или их аналоги). Частота, надеюсь, у вас меньше 300кГц?
Б) Зазор в сердечнике выбирать таким, чтобы максимальнаяч индукция ни в коем случае не была больше 0,3Тл. А для снижения потерь в феррите и не больше 0,2Тл.
В) В один слой первичку для 50Вт флайбека не удастся намотать. Да к этому и не надо стремиться, т.к. потери в меди будут большие для тонкого провода. Я не использовал viper, но думаю, что рекомендации по потерям в меди для него в фирменной доке должны быть. Смотри про плотность тока в обмотках. Плотности тока в первичке и вторичке должны быть примерно равны. Иначе обмотки будут неравномерно нагреваться.
Вообще то чем толще провода, тем меньше в них потери. Но вот толстых проводов много в зазор бобины не всунеш. Вот и вся идея каким проводом мотать. Как можно более толстым, но чтобы расчетное число витков влезло на боббину ;)