В стартовике (GCC)инициализирую порты(до инициализации переменных):
void InitPorts (void) __attribute__ ((naked)) \
__attribute__ ((section (".init3")));

void InitPorts(void)
{
PORTB= 0x33;/*00110011*/
DDRB= 0xB3;/*10110011 */
PORTC= 0x12;/*00010010 */
DDRC= 0x1D;/*00011101 */
PORTD= 0x06;/*00000110 */
DDRD= 0xF2;/*11110010 */
}

в main проверяю:

int main(void) {
byte i;

i=PORTC;
if( i!=0x12) Led1on;
else Led2on;
while(1);

}

В 15 платах из 17 PORTC всегда читается правильно, но в 2-х остальных иногда вместо 0х12 появляется 0х90
Если такую же инициализацию повторить в main (непосредственно перед i=PORTC;)-сбоев нет

Если бы сбои были вызваны внешними причинами (напрмиер флуктуациями питания)то сбоили бы и другие порты, а в PORTC мог бы появляться случайный код, но при сбое появляется именно 0х90