В подавляющем большинстве приемников опорным является положительный перепад (из 0 в 1), а длительность нахождения выхода 1PPS в "1" произвольная, и может отличаться даже у двух одинаковых приемников. Используй передний фронт (разумеется, УЖЕ имея полноценный fix) - и все будет ОК