Или на крайний случай - в отдельном ассмблерном файле.

Еще совет: так как есть ненулавая вероятность, что бутлоадер Вы когда-нибудь перекомпилируете, а делать прошивки основной программы несовместимыми не захотите - в некотором фиксированном месте бутлоадера расположите таблицу диспетчеризации состоящую из rjmp на начала всех экспортируемых функций, и в основной программе переходите на входы в этой таблице. Два байта на экспортируемую из бутлоадера функцию и два такта на вызов - это небольшая плата за страховку.