Можно батник слепить и последней строкой поставить pause, запускать батник. А вообще я из-под FAR-а запускаю только когда всякими полуэкспериментами занимаюсь, а при реальной работе программатор вызывается из редактора, и даже н сам программатор, из редактора вызывается make run, а там уж make решает - надо ли что-то перекомпилировать перед прошивкой или не надо.