Как это - "стало стабильнее" и "не влияют"?? Влияют, разумеется. И главное - шлейф JTAG не должен быть длиннее 15 см, и желательно на стороне МК все JTAG-сигналы хоть слегка подтянуть резисторами (3..4.7К) к плюсу, а землю пустить несколькими жилами, чередуя их с сигналами