В ячейке сдвига времени должны инкрементироваться только секунды, когда секунды превысят 60сек, например 61сек, то нужно вычесть/прибавить 1 минуту к показаниям времени DS1307, перезаписав регистр минут в этой микросхеме, так как операции по шине I2C уже не повлияют на точность перезаписи времени. После чего нужно уменьшить сдвиг секунд до 1 сек уже без необходимости учитывать минуты. То есть в ячейке сдвига времени будет хранится только текущий сдвиг секунд, так как регистр секунд самой DS1307 перезаписать точно не получится.