JTAG никак не влияет, я же использую только PORTC.1 и PORTC.0, шью STK 200 через Code Vision AVR, проблем с прошивкой никогда не было...

вот у меня такое ощущение, что потенциал ножки в Z-состоянии может гулять как захочется.. и ничего его не ограничивает... хотя у меня на плате ничего такого нету, что могло бы привести к помехам...

конечно выход есть, это через конденсатор на землю этот вход кинуть... но тогда будет переходный процесс, переключения состояния медленные....