делаете рассчет топологии под конкретную технологию/станки/материалы либо ищите нужные станки/технологии/материалы под конкретную топологию. как может быть иначе
существуют технологии гарантирующие нужный зазор между склееваемыми пластинами. если не хотите менять стэк платы заказывайте платы у производителя, который может нужные параметры обеспечить. только что-то у вас не так, если все не ложится на обычные варианты. лишний геммор он ничего хорошего не дает, тем более если это не разовая конструкция и планируется тираж.