Ну так подождите 500 мс (за вычетом длительности записи) после импульса PPS и запишите в часы время с количеством секунд, большим на единицу.
А можно организовать цифровую ФАПЧ: сравнивать микроконтроллером момент прихода сигнала PPS и SQWOUT и программно сводить задержку к нулю, изменяя задержку момента записи значения времени в часы.