Вижу, во входной части сделаны необходимые изменения.

Насчет цепочки R20C73: обычно в таких случаях ставят 100к и порядка 2.2..10нФ параллельно. Хотя и 11к для входа синхронизации пойдет.

Когда включена внутренняя синхронизация, сигнал на компаратор подается до каскада смещения по постоянному уровню. В общем случае это неправильно, хотя всё зависит от ПО.

По источнику питания на MC34063: мне удавалось значительно снизить пульсации, подняв частоту (в ущерб КПД, но он тут не так важен). Вместо 470пФ ставил порядка 33..100пФ.