1. Операционка и "подсчёт тактов" ИМХО понятия несовместимые. Ты эти асмовские замашки брось. :)

2. В IAR-е есть uCOS-plugin, который тебе покажет загрузку в %. Это, конечно, не в тактах, но больше тебе и не должно быть интересно.

И потом, ты так всё прям впритык расчитываешь, можно подумать у тебя UART и прочие TWI-и прям нон-стопом лупят.
Действительно необходимый нон-стоп, это системный таймер и АЦП. Вот за них и беспокойся. :)

Кстати, на 11,059 свет клином не сошёлся. Сейчас Меги официально до 20МГц, так возьми кварц 18,432. Вот тебе ещё в полтора раза навар. Жабе подарок... :)

В общем, скажи жабе, что либо "удобно" ( прямое следствие - можно взяться за задачу пожирнее ), либо "производительно". Это закон. А между "чинить мотор самому", либо "заплатить за ремонт и ехать любоваться пейзажами", лично я выбираю второе. ;)