Во-первых, загрузка идёт поэтапно - смотри ссылку - и загрузчики есть начальный и остальные.
Во-вторых,загрузчик, находящийся на разделе (не начальный загрузчик) может запускаться либо переходом из загрузочного сектора раздела, либо начинаться в загрузочном секторе раздела.
В-третьих, на разделе загрузчика может не быть, равно ядро ОС может запускаться прямо с начала загрузочного сектора раздела.
В-четвёртых, нужно понимать, что загрузчик, находящийся на активном разделе, передающий обычно управление своей ОС, может передавать управление на другой раздел в бутовый сектор - получается, что загрузчик там может быть точно такой же и нифига не знать, что этот раздел не есть активный. (Смотри BootPart http://www.winimage.com/bootpart.htm)

У виндовс 2k+ принято, что в загрузочном секторе активного раздела есть переход на загрузчик NTLDR. При этом предполагается, что управление на загрузочный сектор раздела передастся из MBR (хотя на самом деле пофиг откуда). Линуксы отличались во-первых прописыванием своего загрузчика в MBR. Кроме того, они часто не ставили (и, похоже, не ставят, если не сказать) загрузчик в раздел. Как таковой загрузочный сектор раздела не используется линуксом для хранения там простого джампа в принятом у виндовс и фрибсд формате(скажем мне иного не встречалось). И ещё один аффигенный момент - загрузчик линукс знает те ядра, которые знает - остальное вне его компетенции (т.е. имеет набор точек входа и всё, ну и набор сигнатур или каких-то других способов селекции - не разбирался).

Итого. Если поставить виндовс на активный праймари раздел, а затем поставить линукс на другой праймари раздел, ну а загрузчик линукс определить (при инсталляции линукс) находиться в MBR, то де-факто становится пофиг, какой раздел активный - этим рулит загрузчик линукс, находящийся в MBR. Из линукс обычно без проблем можно настроить этот загрузчик (наиболее популярные Lilo и GRUB - я пользуюсь GRUB) так, чтобы он позволял запускать виндовс. Если линукс надоел, то нужно переписать MBR, ну а разделы линукс после этого можно пользовать. Одно но - нужно убедиться, что раздел с виндовс активный, если не так, то с загрузочного компакта нужно запустить нечто типа PowerQuest(Simantec) PartitionMagic (7+) и поставить разделу с виндовс это свойство. Переписывание MBR делается в консоли восстановления виндовс командой fixmbr (в ДОС/вин98 делалось fdisk /mbr), иногда требуется в той же консоли давать fixboot.