После сброса програма бутлоадера инициализирует I2C и ждет команды на программирование. По тайм-ауту переходит на основную программу. Если по I2C реализовывать сброс - то возможно попробовать просадить оба провода в ноль на секунду и более. Но если в "процессоре" слетела основная программа, то такое состояние шины она естественно не "увидит"