Настраиваю две лапы на выход:
DDRD = (1<<4); //LED0
DDRD = (1<<5); //LED1

Потом делаю так:
PORTD OFF_LED(0);
PORTD ON_LED(1);

А если извратиться и сделать такие дефайны:
#define OFF_LED(x) PORTD|=(1<<(4+x))
#define ON_LED(x) PORTD&=~(1<<(4+x))
Чтобы пользовать OFF_LED(0); / ON_LED(1); ???