Максимум, что нужно, это X-сервер под винду, чтобы удаленно работать с линуксовым приложением (например запуская из дома роутер или моделятор на р/станции на работе). А в том же X-WIN32 подобных проблем нет, окно удаленного происхождения не отличается от локального. Я пока что и представить не мог, что нужно обратное, лазать в винду из-под линукса через rdesktop.