сорцы лежат в папке /src внутри папки проекта. Для того чтоб компилятор знал где они есть, использую переменную VPATH в makefile. Так eclipse каким-то образом это понимает и создает в c/c++ projects view две папки с таким именем и с одним путем. Если какую-то грохнуть - пропадают обе. Иконки правда на папках разные.