1 файл source генерит 1 бинарник.
соответсвенно, для вашей цели сделайте 2 каталога, где будут лежать 2 разных файла source. А в корне - файл dirs.
Учтите, файл source для DDK может ссылаться на исходные файлы только из того каталога где он лежит + каталог уровнем выше. В общем, я бы сделал такую структуру каталогов:
[drvroot]
[drv1]
sources
[drv2]
sources
dirs
*.c