Вход в прерывание теоретически минимум 4 такта. rjmp из таблицы векторов два такта, сохранить sreg и освободить один регистр это 5 тактов, итого на вход 11 тактов, на выход положим тактов 9. Получается примерно 20 тактов без учета полезных действий, в случае инкремента нерегистровой однобайтовой переменной добавим еще 5 тактов.

Зачем делать из таймера таймер? Путь таймер считает, в конце разряда читайте его значение и используйте. Или Input Capture поможет.