кроме текстового редактора и компилятора (систему контроля версий не использую):
matlab (если это можно назвать утилитой) - отладка матмоделей алгоритмов, рассчет всех таблиц.
редактор связей (линкер).
дизассемблер.
отладчик.
make.
библиотекарь (сборка-разборка lib-ов).
утилиты для программирования FLASH/загрузки ОЗУ.
программа сравнения текстовых файлов (unix diff).
программа сравнения бинарных файлов (compare, откуда взялась х.з.).
HEX-редактор (hiew32)
утилита для дампа объектных модулей (objdump, dumpbin).
automake, autoconf (редко)
куча самопальных утилит по разбору всяких потоков данных, структур, анализа результатов, и т.п.
