Не хочется держать два программатора и вполне можно объединить, но распиновка BH-10 совершено разная для Altera ByteBlaster и AVR stk200/300
Как вы вышли из ситуации ?
1: держите два программатора,каждый для своего девайса
2: ISP-Разьем AVR переделали с родного Atmel`вского в Altera ByteBlaster и шьете AvReal
3: ISP-Разьем Altera переделали с родного в Atmel`вский
Altera ByteBlaster
http://ln.com.ua/~real/avreal/bbaisp.png
AVR stk200/300
http://ln.com.ua/~real/avreal/stkx00.png